Можно создать директорию для файлов баз данных, например,
sudo mkdir /data/wired_tiger_db
Можно запустить mongod вручную с явным указанием движка:
sudo mongod --storageEngine wiredTiger --dbpath /data/wired_tiger_db
Следует добавить опции в /etc/mongodb.conf
engine: wiredTiger
dbPath: /data/wired_tiger_db
Последнее: перезапуск mongod: