Была база на 3.2 после обновления до 3.6 получаем такую ошибку (при запуске mongod):
IMPORTANT: UPGRADE PROBLEM: The data files need to be fully upgraded to version 3.4 before attempting an upgrade to 3.6; see http://dochub.mongodb.org/core/3.6-upgra... for more details.
Решение
Проше сделать дамп базы, установить версию 3.6 и развернуть дамп.
А если у вас не запускается 3.6, то ещё раз скачайте 3.2 и сделайте указанное выше.