Обновлено: проблема закрыта выпуском обновления: https://github.com/yiisoft/yii2-mongodb/...
Проблема в том, как извлекает ответ с использованием курсора функция:
public function aggregate($collectionName, $pipelines, $options = [])
из vendor/yiisoft/yii2-mongodb/Command.php
-- но это проблему можно обойти написав свой метод: Прямо в контроллере: