Пока что получилось только с помощью удаления старой метки:
/**
* Смещаем метку положения пользователя
*
* @param {type} x
* @param {type} y
* @returns {undefined}
*/
function setCentralPlacemark(x, y) {
/*
* Пусть myPlacemark объявлена глобально и
раньше уже выводилась на карту
*/
myMap.geoObjects.remove(myPlacemark); // удаляем эту же метку в её прошлом состоянии
// и присваиваем уже новые координаты
myPlacemark = new ymaps.Placemark([x,y], { // метка на карте где мы есть
hintContent: 'Это Вы!',
// balloonContent: 'Ваше текущее местоположение'
}, {
// Опции.
// Необходимо указать данный тип макета.
iconLayout: 'default#image',
// Своё изображение иконки метки.
iconImageHref: 'img/smile.gif',
// Размеры метки.
iconImageSize: [30, 30],
});
myMap.geoObjects.add(myPlacemark);
}