netbeans Поиск в скрытый папках -- как настроить

В конкретной скрытой директории

Если папка отображается в диспетчере проекта (например в папке vendor/, которая часто бывает в php проектах), то можно поискать конкретно в ней кликнув по ней в диспетчере и нажав Ctrl+F.

Поиск по проекту вместе со скрытыми папками

А вот это вопрос .....совершенно неясно как, например, искать по всему проекту, чтобы при этом поиск проходил и в скрытых директориях.

Поиск файлов, имя который начинается с точки

Такие файл в Linux считаются скрытыми, а потому поик по ним по-умолчанию тоже может не работать. О том как включиться его мы говорили тут.