yii2 select select2 Пустое значение по умолчанию -- как задать

Используйте значение:

'prompt'=>'Значение не выбрано'

(создаст опцию с пустым ключом) в третьем параметре dropDownList()
Например:

<?= $form->field($model, 'organization_id', 
['inputOptions' => ['id' => 'med1',]])
->dropDownList(ArrayHelper::map($organizations, '_id', 'view_name'),
   [
     'class' => 'form-control select2',
     'prompt'=>'Значение не выбрано' // то что нам надо
   ]) ?>