В случае настройки из кода нужно что-то вроде:
<?php
register_taxonomy('genre',array('book'), array(
'hierarchical' => true, // включаем иерархическое отображение в графическом интерфейсе
'labels' => $labels,
'show_ui' => true,
'query_var' => true,
'rewrite' => array( 'hierarchical' => true ), // включаем иерехические URLs
));
Источник: https://wordpress.stackexchange.com/a/17329
