Из главного меню
File
-> New Project
В Колонке Categories (слева) выберите PHP, а в колонке Projects выбираете:
PHP Application with existing sources
Далее нажимаем Next ("далее") и для поля Source foolder жмем на кнокпку Browse ("Обзор") и выбираем в файловом инспекторе папку с исходным кодом.
После чего можно надать Finish ("Готово") или провести дополнительные настройки.
