Обычно используют псевдоним cept -- как синоним относительного пути к исполняемому файлу кодэсепшена от корневой папки проекта.
Чтобы создать такой псевдоним в линукс выполните команду:
alias cept="./vendor/bin/codecept"
(или сразу в файл, чтобы работала после перезагрузки)