Можно ссылать на переменные окружения в ямле, например (пример конфигурации сервиса):
# explicitly configure the service
App\Service\VkApiClientService:
arguments:
$accountId: '%env(VK_ACCOUNT_ID)%'
$apiVersion: '%env(VK_API_VERSION)%'
$accessToken: '%env(VK_ACCESS_TOKEN)%'
а сами переменные задать в .env.local файле (которые держат в gitignore), например для примера выше значения переменных в этом файле можно задать так: