Рабочая директория ("working directory", "working tree") -- файлы на диске.
Git-директория - папка, где гит хранит свои данные, в т.ч. и файл индекса.
Область подготовленных файлов (это же "Индекс", ''staging area') — это файл, обычно располагающийся в вашей Git-директории, в нём содержится информация о том, какие изменения попадут в следующий коммит. Эту область ещё называют “индекс”, однако называть её stage-область также общепринято.