Как должен выглядеть файл скрипта
Чтобы уровни запуска подхватились правильно скрипту нужен специально оформленный закомментированный заголовок (см. примеры).
Добавляем в автозапуск
Предположим, что ваш файл называется upscript.sh тогда сохраните его в директорию:
/etc/init.d/
И затем выполните команды:
chmod ugo+x /etc/init.d/upscript.sh
update-rc.d upscript.sh defaults
(права на выполнение и добавление в автозапуск)