проблема

В php "справедливо" равенство (далее знак равно в математическом смысле):

(int) ((0.1+0.7)*10) == 7 

-- т.е. если привести левую часть к целому (а это делается путём отбрасывания дробной части)

Это можно проверить, запустив код вида:

Ситуация

Происходит копирование html-кода select-а, к которому привязан select2.

По теме

Сразу отметим, что селект2 по сути добавляет дополнительный span, который и является видимым представлением селектбокса, сам же селектбокс скрывается.
Если просто после клонирование выполнить повторную привязку, то мы получим два спана.

Также в случае если вы производите клонирование с data-атрибутами, то вызов .select2('destroy') приведёт к затрагиванию оригинала (который клонируется).

Configuration directory: sync
An automated attempt to create the directory ../config/sync failed, possibly due to a permissions problem.

Просто создайте эту директорию, например в убунту можжно командой (из корня проекта):

mkdir -p config/sync

в мозилле firefox у меня почему "появляются" неразрывные пробелы (или что-то типа) - почему не ясно.

РЕШЕНИЕ

проблема наблюдалась и в хроме - оказалось просто в PHP данный input генерировался неправильно.