Проблема может быть в том, что мы редактируете не тот my.ini, который в реальности используется сервером MySQL- например тот, который лежит здесь:
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6
А нужно (например в моём случае на win7) редактировать тот, что лежит по адресу следующего типа:
%PROGRAMDATA%\MySQL\MySQL Server 5.6\my.ini
Узнать значение %PROGRAMDATA% можно, выполнив в командной строке комадну:
echo %PROGRAMDATA%
В моём случае адрес был: