Если вы нажимаете контрл, то событие клика начинает проходить "дальше" и получается, что это может скрывать элемент на странице, который скрывается, скажем при клике по body -- чтобы избежать этого можно завести специальную переменную, которая бы запрещала скрывать элемент, в случае если прижат ctrl (сделать это можно так) и проверять её значение в скрывающей функции.