git rm --cached nbproject/
Чтобы удалить папку (например, с именем "logs") из списка контролируемых - надо просто удалить все файлы, которые находятся в ней (видимо -r означает "рекурсивно"):
git rm -r --cached logs/
А затем добавьте эту папку в .gitignore - просто допишите туда с новой строки:
logs/
(то есть путь к вашему файлу относительно местоположения .gitignore)
