Пока что получилось только с помощью удаления старой метки:
/**
* Смещаем метку положения пользователя
*
* @param {type} x
* @param {type} y
* @returns {undefined}
*/
function setCentralPlacemark(x, y) {
/*
* Пусть myPlacemark объявлена глобально и
раньше уже выводилась на карту
*/
myMap.geoObjects.remove(myPlacemark); // удаляем эту же метку в её прошлом состоянии
// и присваиваем уже новые координаты
myPlacemark = new ymaps.Placemark([x,y], { // метка на карте где мы есть
hintContent: 'Это Вы!',