Чтобы исключить из игнорирования файл или папку, достаточно просто добавить в файл .gitignore в начале строки с путём восклицательный знак, например:
Всё содержимое папки, кроме поддиректории
#исключим всё содержимое папки application/language
application/language/*
#кроме подиректории:
!application/language/gr/
Все содержимое папки, кроме файла в ней
Можно также не ставить под контроль версий все содержимое директории, кроме конкретного файла (например, пусть его имя ".gitkeep"):