Через командную строку
Просто выполните:
gsettings set org.gnome.nautilus.preferences executable-text-activation ask
-- систему будет каждый раз спрашивать запустить ли файл.
Через графический интерфейс
ПРИМЕЧАНИЕ: настройки приведённые ниже, почему-то не начинали действовать сразу после изменения -- может быть нужна перезагрузка.
