В конкретной скрытой директории
Если папка отображается в диспетчере проекта (например в папке vendor/, которая часто бывает в php проектах), то можно поискать конкретно в ней кликнув по ней в диспетчере и нажав Ctrl+F.
Поиск по проекту вместе со скрытыми папками
А вот это вопрос .....совершенно неясно как, например, искать по всему проекту, чтобы при этом поиск проходил и в скрытых директориях.