Комментарий как и всё опции, что идут после перечисления колонок в SQL запросе можно добавить так:
//Добавляем все необходимые поля
$this->createTable($this->tableName, [
'id' => $this->primaryKey()->notNull(),
'organization_id' => $this->integer()
->defaultValue(null)->comment('Связь с таблицей организации'),
],
"COMMENT 'Тут комментарий к таблице '"// SQL который добавляется после полей
);