Судя по нетбинсу, такое можен быть.
Ответ: да может. Посмотрите историю изменения файлов в консоли, например могли измениться символы переноса строк.
Чтобы научить деплоер определять имя развернутой на сервере (каждом настроенном в деплоере) Git ветки и того, кто в неё последний раз коммитил, добавьте в ваш deploy.php (вашего проекта) два таких задания для деплоера: