создать primary key с помощью doctrine

Можно с помощью аннотаций свойств.

Чтобы при создании таблицы был сгенерирован автозаполняемый primary key (auto_increment в MySQL, serial в PostgreSQL), добавляем в аннотацию строку GeneratedValue:

class Articles {

    /**
     * @ORM\Id
     * @ORM\Column(type="integer")
     * @ORM\GeneratedValue
     */
    private $id;