Возможно вы просто пытаетесь работать с ndarray как с матрицей (обратное возможно но не такое), а потому можно изменить что-то вроде:
conjugateTransposedMatrix = mtx.getH()
на что-то вроде (сначала получить матрицу из массива):
conjugateTransposedMatrix = np.asmatrix(mtx).getH()