Проблема
При запуске команд
composer install
и
composer update
удаляются некоторые (без видимой логики) строки из конфигурационного файла parameters.yml (речь идёт о symfony framework).
Решение
Файл parameters.yml по умолчанию добавлен в .gitignore, обычно содержит конфиденциальные данные: адреса, явки, пароли.