Предположим, что вы работали с некоторым кодом в ветке branch1, репозитория, который является копией (форком) исходного и уже готовы выполнить пулл-реквест, но вам требуется исключить из этого пул реквеста файл или его изменения, для этого можно сделать следующее:
Создайте отдельную ветку -- именно из неё будем предлагать пулл реквест.
Удалите файл вручную, если он вообще не нужен или сделайте затирающий checkout из другой ветки/репозитория, короче оттуда, где он в нужном состоянии, а-ля:
Форк -- это "ответвление" в череде изменений какого-либо проекта, то есть создание альтернативного пути развития для него (по сути -- нового проекта, базирующегося на другом проекте), т.е. создание нового репозитория с состоянием базирующемся на каком-то из состояний другого репозитория (который "форкнули").