Руками можно по такому принципу -- из:
ИМЯБАЗЫ.command(
{"aggregate":"ИМЯКОЛЛЕКЦИИ",
"pipeline":[
{"$limit":5}
],
"allowDiskUse":true,
"cursor":{"batchSize":1000}
})
в:
db.ИМЯКОЛЛЕКЦИИ.aggregate([
{"$limit":5}
],
{"allowDiskUse":true,"cursor":{"batchSize":50000}}
)