pull request

Судя по всему никак (как это ни удивительно), вот в этой теме обсуждается предложение нововедения: https://github.com/orgs/community/discus...

"file is empty" в моем случае оказалось действительно именем файла, лежащего в корне проекта (название было записано вот так с пробелами, что может здорово сбить, так как не ясно какой путь к файлу и кажется что это статус гита, а не реальный путь к файлу))

Если вы используете композер и сделали форк, ради последующего пулл-реквеста и хотите предварительно проверить изменения (а затем уже сделать сам пулл-реквест), то действуйте так:

Общая идея

1. Создайте отдельную ветку -- именно из неё будем предлагать пулл реквест.
2. Удалите файл вручную, если он вообще не нужен или сделайте затирающий checkout из другой ветки/репозитория, короче оттуда, где он в нужном состоянии, а-ля:
   

   git checkout iff/master -- composer.json

Конкретный пример

См. тут: http://fkn.ktu10.com/?q=node/10697

Пул реквест (pull request) -- это запрос к управляющему каким-либо репозиторием (человеку, группе людей или вообще роботу) на применение изменений (из вашего репозитория и/или указанной вами ветки).