Используйте ext- перед названием модуля, например:
"require": { "ext-pdo_mysql": "*", }
-- часто, если вы указываете также явно версию php-интерпретатора, то можно как в примере выше обойтись звездочкой (любая версия) вместо указания конкретной версии. Подробнее: https://getcomposer.org/doc/01-basic-usa...