Чтобы с помощью doctrine создать уникальный ключ из двух или более полей, добавьте аннотацию UniqueConstraint:
/**
* @ORM\Entity()
* @ORM\Table(
* name="rs",
* uniqueConstraints={
* @ORM\UniqueConstraint(name="unique_rs_number_in_bank", columns={"rs_number", "bank_id"})
* }
* )
*/
class Rs { ... }
Не забудьте use: