При выполнении этой команды:
hadoop fs -ls
Ошибка
hadoop ls: `.': No such file or directory
может быть вызвана тем. что для пользователя не создан домашний каталог
hadoop fs -mkdir -p /user/hduser
ну и создадим там например входную директорию:
hadoop fs -mkdir /user/hduser/myinput