Выясняем как сделать операцию обратную $push.
Вот так должно работать:
$result = $collection->update(
array("_id" => new ObjectID(Yii::$app->request->post('report-id'))),
array('$pull' => array("_comments" =>
array (
'user_id' => new ObjectID($user_id),
'text' => $text,
'create_timestamp' => (int) $create_timestamp
))
)
);
А вот запрос на ту же тему (но только выборка по одному полю) не посредственно к монге в командной строке: