mapbox Приоритет обработки событий для перекрывающихся слоев

С приоритетом не ясно, но можно с помощью map.queryRenderedFeatures() просмотреть все объекты, к которым относится данное событие, и на основании этого уже принять решение запускать ли текущий обработчик или нет:

(event: MapLayerMouseEvent) => {
      event.preventDefault();

      map.queryRenderedFeatures(event.point, {layers: ['layer1id', 'layer2id']});

Источник идеи: https://stackoverflow.com/a/50322947