git rm Удалить директорию (папку) из контроля версий - remove directory from tracking

git rm --cached nbproject/

Чтобы удалить папку (например, с именем "logs") из списка контролируемых - надо просто удалить все файлы, которые находятся в ней (видимо -r означает "рекурсивно"):

git rm -r --cached logs/

А затем добавьте эту папку в .gitignore - просто допишите туда с новой строки:

logs/

(то есть путь к вашему файлу относительно местоположения .gitignore)

Флаг -r можно ставить и после имени директории:

> git rm --cached nbproject/ -r

ВНИМАНИЕ: команда по ходу удаляет и сами файлы если нет специального флага.