photoshop Выделить всё кроме пустого -- кроме пикселей, которые не полностью прозрачный (перекрасить все непрозрачные пиксели)

Как выделить не нашёл, но если стоит задача потом просто перекрасить эти пиксели --то используйте свойство blending options для слоя --
а там уже пункт Color overlay, где монжо выбрать необходимый цвет.