На реддите пишут, что такое может быть, если приложение с одной из сторон обновилось в фоне:
I'd guess one or both of the apps are auto-updated. I haven't had long-living secret chats in a very long while, but from what I recall updates always killed my secret chats in the macOS app.
Возможное решение
в качестве решения проблемы можно просто запустить новый секретный чат
