Пример добавления в таблицу нескольких столбцов и индексов:
ALTER TABLE user
ADD `profile` INT(11) NOT NULL DEFAULT 0 COMMENT 'Тип профиля',
ADD INDEX `profile` (`profile`),
ADD `service` INT(11) NOT NULL DEFAULT 0 COMMENT 'Тип сервиса',
ADD INDEX `service` (`service`);