Получить доступ к функционалу CodeIgniter можно как-то так:
<?php
$application_folder = 'application';
$system_path = 'system'; // имя "системной" директории
$rootpath = $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]; // путь к корню сайта
define('EXT', '.php'); // расширение
define('BASEPATH', $rootpath . str_replace("\\", "/", $system_path) . '/');
define('APPPATH', $rootpath . $application_folder.'/');
//require_once $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] . '/application/classes/Autoloader.php';
require_once $rootpath . '/system/core/CodeIgniter.php'; // загружаем ядро