Создать условие выборки с указанием нескольких колонок можно так:
$timingGroups = \Model\Logistics\TimingGroupQuery::create()
->where('TimingGroup.CityId = ?', $cityId)
->where('TimingGroup.ZoneId = ?', $zoneId)
->find(); // извлекаем подходящие группыпричём важно правильно именовать параметры в кавычках.
Назначение псевдонима
Чтобы не дублировать php-имя таблицы, можно назначить псевдоним: