При настройке приложения используйте файлы папки /config
main.php // для настроек актуальных и на локальном компе и на хостинге
main-local.php // для настроек на конкретной машине.
Общее для всех
Помимо конфигурации конкретных приложений приложений файлы настройки --общие для всех приложений, могут лежать в папке:
/common
(относительно корня проекта). Например, здесь часто хранят настройки доступа в базе данных.