Проблема
Некоторые файлы отображаются как удаленные сразу же после клонирования репозитория
Возможные причина и решения
В нашем случае проблема была в том, что в имени файла используются недопустимые для данной файловой системы символы в Windows 10, на Linux все было нормально. Поэтому сразу после клонирования гит не мог проверить состояние файла (так как для такой проверки он использует ту файловую систему, где запущен)
Решения два:
