Не забывайте, что если вы делаете инъекцию реопизтория. напр:
@Injectable()
export class ScenarioService {
@InjectRepository(ScenarioRepository)
private scenarioRepository: ScenarioRepository;
// ..........
то в конфигурации модуля (главного или одно из вложенных, отвечающих за запуск typeorm), необходимо использовать forFeature(), где и перечислить имеющиеся репозитории (в случае если весь проект представле одним модулем, то можно так напр. так)