в принципе для удаления javascript (ява скрипта) из текстового файла средствами php можно использовать такую конструкцию:
preg_replace('~<\s*\bscript\b[^>]*>(.*?)<\s*\/\s*script\s*>~is', '', $str);
где:
'~<\s*\bscript\b[^>]*>(.*?)<\s*\/\s*script\s*>~is'
- регулярное выражение "обнаружения" =)