По-идее такого быть не может, что что-то похожее наблюдалось с присутствием цикла while и выполнения запроса к mongodb.
При этом сама монга в диспетчере линукса (top) показывала, что занимает 300 процентов CPU, другие запросы к ней тоже выполнялись медленно до тех пор, пока процесс монги не был перезагружен.