По сути, если руками, то надо править файлы со списками репозиториев, можно править файл (удаляеть дубли) записанные в файл:
nano /etc/apt/sources.list
или дубли раскиданные по файлам, содержащимся в папке:
/etc/apt/sources.list.d
--например репозиторий может быть указан сразу в двух файлах сразу.