Можно так:
if (!file_exists('path/to/directory')) { mkdir('path/to/directory', 0777, true); }
На основе:https://stackoverflow.com/questions/2303...
Используйте флаг пэ:
mkdir -p
Например:
mkdir -p config/sync
-- создаст сначала в даннйо папке папку config, в уже в ней папку sync
