Может быть так, что команда:
ll /etc/alternatives/php
показывает всё нормально --
/usr/bin/php7.1*
Но при этом почему-то alternatives вообще не используется, а например в ответ на команду php отрабатывает исолняемый файл:
/usr/local/bin/php
Ситуация
Возможно у вас не используется ссылка:
/usr/bin/php
-- а система использует в более высоком приоритете какую-то другую символическую ссылку -- или вообще бинарник:
