git

Судя по нетбинсу, такое можен быть.

Ответ: да может. Посмотрите историю изменения файлов в консоли, например могли измениться символы переноса строк.

Чтобы научить деплоер определять имя развернутой на сервере (каждом настроенном в деплоере) Git ветки и того, кто в неё последний раз коммитил, добавьте в ваш deploy.php (вашего проекта) два таких задания для деплоера:

Удачная и удобная прогрмма meld умеет проводить сравнения всего перечисленного в заголовке.
Установить её можно командой:

sudo apt-get install meld

Сравнить два текстовых фрагмента (а не файлы целиком)

Запустите программу и выберите:

File Compration (клик) 
  -> Blank compration (клик)

И введите слева и справа ваши текстовые фрагменты.

Интеграция с git

Вроде как возможна интеграция с git: https://nathanhoad.net/how-to-meld-for-git-diffs-in-ubuntu-hardy

Можно игнорировать файлы и папки локально с помощью настройки файла .git/info/exclude. Он устроен точно так же, как обычный .gitignore, но не включается в состав коммита, и поэтому не передается с командами clone, push, pull.

$ open .git/info/exclude

#hide my cats
cats/

Или одним действием:

Для решения ошибки рекомендуют использовать:

git commit -i my_filename

Но вообще лучше изучить проблему внимательнее.

Предыстория: как получается конфликт/как получить его локально

Локальный репозиторий переходит в состояние конфликта, когда не получается автоматически объединить изменения из двух веток (напр. ветки с задачей и "основной")

Что что означает

Обычно, когда файл находится в состоянии конфликта его содержимое выглядит как-то так ( в примере одна конфликтная секция -- их можно быть много):

HEAD -- в Git это указатель на текущую ветку в которой вы находитесь.

Чтобы узнать на какой именно вы ветке выполните команду:

git branch

Подробности: https://git-scm.com/book/ru/v1/%D0%92%D0%B5%D1%82%D0%B2%D0%BB%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5-%D0%B2-Git-%D0%A7%D1%82%D0%BE-%D1%82%D0%B0%D0%BA%D0%BE%D0%B5-%D0%B2%D0%B5%D1%82%D0%BA%D0%B0%3F

Определение: репа - значит репозиторий, он (репозиторий) может быть вашим (локальным) или внешним (то же самое что удалённым) -- то есть каким-то, через который обмениваются своими изменениями несколько разработчиков, обычно удалённый репозиторий находится вдалеке (на другом компе), в потому и называется удалённым. --

Ошибку вроде:

error: the requested upstream branch 'origin/...' does not exist

Можно получить при попытке установить имя ветки во внешнем репозитории (в которую делается pull).

Здесь есть два варианта решения проблемы:

error: src refspec master does not match any.
error: failed to push some refs to

надо сделать коммит/ об этом уже было тут: http://fkn.ktu10.com/?q=node/2102