После компиляции пробуем запустить:
hadoop jar mywordcount.jar org.apache.hadoop.examples.WordCount /input22 /home/training/output
выше показан пример запуска, в котором входная папка находится в корне файлой системы хадупа - если слэш (корень) -не указывать, то входные файлы надо расположить в одноимённой папке ,но в домашнем каталоге: