Общая идея
- Создайте отдельную ветку -- именно из неё будем предлагать пулл реквест.
- Удалите файл вручную, если он вообще не нужен или сделайте затирающий checkout из другой ветки/репозитория, короче оттуда, где он в нужном состоянии, а-ля:
git checkout iff/master -- composer.json
Конкретный пример
См. тут: http://fkn.ktu10.com/?q=node/10697